Der Ursprung: Die Kirche "Unser lieben Frau" zu Wenigenjena (im Volksmund "Schillerkirche" genannt) ist die eigentliche Urpfarrei östlich der Saale gewesen.

1921 wird aufgrund verstärkter Siedlungstätigkeit in Jena-Ost der "Luthersprengel" vom "Schillersprengel" abgetrennt. Die Luther-Gemeinde trifft sich zunächst in verschiedenen Gebäuden, so z.B. in einer Tanzschule am Camsdorfer Ufer. Von Anfang an hatte der zuständige Pfarrer auch die Verantwortung für die Gemeinde in Ziegenhain wahrzunehmen.

1935 wird das jetzige Grundstück mit dem alten Lutherhaus – bis dahin eine Freimaurerloge – erworben.

Im Zweiten Weltkrieg wird das Gebäude durch eine Luftmine beschädigt und notdürftig wieder instand gesetzt.

1975 muss das alte Lutherhaus abgerissen werden. Über das LIMEX-Programm wird ein "Ersatzneubau" möglich. Eine Baracke im Garten nimmt die Gemeinde während der Bauarbeiten auf.

Am 4. Advent 1977 wird das neue Lutherhaus eingeweiht. Der Jenaer Grafiker Harry Franke hat die Ausgestaltung wesentlich geprägt, z.B. das Altarfenster, das Lutherhaus-Kreuz im Altarraum und auf dem Dach, Lesepult und Altartisch und die Wandgestaltung zur Hügelstraße hin. Das Fenster mit der Lutherrose stammt vom Jenaer Glaskünstler Fritz Körner und wird vom alten Lutherhaus übernommen.

Im Mai 1989 tragen im Lutherhaus unabhängige, mutige Bürgern die von ihnen protokollierten Ergebnisse der Auszählung der letzten DDR-Kommunalwahl zusammen und und machen damit den Wahlbetrug durch die staatlichen Stellen sichtbar.

Im Herbst 1989 steht das Lutherhaus zu verschiedenen Anlässen der gewaltlosen Bürgerbewegung zur Verfügung.

1997 Wechsel von Pfr. Albrecht Schröter in die Politik und Suche nach einem neuen Pfarrer. Viel Gebet und Diskussionen um den rechten Weg der Gemeinde.