Frühjahr 1998: Pfarrer Andreas Möller aus Neustadt a.R. bewirbt sich auf Bitten der Gemeinde mit dem Konzept der "Natürlichen Gemeindeentwicklung" von Christian A. Schwarz und wird gewählt.

Juni 1998: Einzug von Familie Möller, Einführung von Elke und Andreas Möller. Gründung des Fördervereins, dadurch Anstellung von Elke Möller als gemeindepädagogische Mitarbeiterin möglich.

1998 werden der Schiller- und Luthersprengel mit der Gemeinde in Ziegenhain zum Gemeindebezirk Wenigenjena vereint. Nach vorn denkende Gemeindeglieder des Lutherhauses treffen sich mit Pfr. Möller zu einem "Gesprächskreis Gemeindeaufbau".

Ab 1998 behutsame Umgestaltung des Gottesdienstes am Sonntagvormittag zu mehr Familienfreundlichkeit.

1999: Einführung des jährlich stattfindenden Seminars "CHRIST werden – CHRIST bleiben".

1999-2001: Aus dem "Gesprächskreis Gemeindeaufbau" ist ein Mitarbeiterkreis geworden. Suche nach der Berufung der Gemeinde (Erarbeitung einer Vision). Ergebnis:

"Die Gemeinde am Lutherhaus Jena bietet – bedingt durch ihre relativ großzügigen Räumlichkeiten, die vielseitige Prägung der Gemeinde, die entwickelte Mitarbeiterschaft – gute Chancen für eine Gemeindeform, die besonders kirchendistanzierten Menschen mit und ohne bisherige Kirchenzugehörigkeit einen Zugang zum christlichen Glauben, einen auf Christus bezogenen Lebensstil und einen aktiven persönlichen Beitrag für Gott, seine Gemeinde und Welt zu ermöglichen sucht.". Der Dreischritt "Information – Partizipation – Engagement" entsteht.

2000: Beginn der Lobpreis- und Bandarbeit, Erneuerung der Tontechnik.

Januar 2001: Die Gebetsbruderschaft Jena übernimmt auf Bitten von Pfr. Möller eine Patenschaft über die Gemeinde an der Schillerkirche und vermag sie neu zu sammeln. Es kommt im Gemeindebezirk zur Herausbildung verschiedener Gottesdienstprofile:

• Gottesdienste an der Schillerkirche – "festlich liturgisch";
• Gottesdienste an der Marienkirche Ziegenhain – "familiär und ökumenisch";
• Gottesdienste am Lutherhaus – "offen, bunt, familienfreundlich".

Herbst 2001: Neuwahl der Gemeindeleitung. Für das Lutherhaus werden vier Menschen aus der Mitte des Mitarbeiterkreises gewählt. Die beiden anderen Gemeinden sind mit jeweils einem Ältesten vertreten.

Sommer 2002: Die Gemeindeleitung erarbeitet das neue Motto "GOTT erfahren – LEBEN teilen".

Herbst 2002: Einführung eines Abendgottesdienstes in modernerer Form, um den überfüllten Morgengottesdienst zu entlasten. Auf die zunehmende Gefahr der Anonymität wurde bereits zuvor durch die Einladung in möglichst ganzheitliche Kleingruppen (Hauskreise und Teams) reagiert.

2002: Andreas Möller gerät in eine gesundheitliche Krise. Die Gemeinde sucht nach Möglichkeiten der Verstärkung.

Anfang 2004: Der Förderverein verwirklicht eine komplett aus Spenden getragene zweite Pfarrstelle. Jörg und Kathrin Gintrowski kommen mit ihren Kindern aus Luckau zu uns.

2004: Umgestaltung des Abendgottesdienstes in den "Aufwindgottesdienst". Nun heißt es jeden Sonntagabend im Lutherhaus: "Band – Predigt – Bistro".

2004: Entwicklung einer Corporate Idendity (Logo u.a.) zusammen mit der Grafikerin Ann-Marie Bischoff aus Karlsruhe.

Die Seminare können endlich dreistufig ausgeführt werden: Für den Schritt der Information "Christ werden – Christ bleiben", für den der Partizipation "Schritte im Glauben" (heute Emmaus-Aufbaukurse), für den des Engagements "Entdecke deine Gaben".

Die fünf "GNADE-Werte" der Gemeinde entstehen: Gemeinschaft – Nachfolge – Anbetung – Dienst – Evangelisation.

2007: Die erneute Wahl der Gemeindeleitung zeigt, dass die Gemeinde den Kurs der Gemeindeentwicklung mitträgt.

2008: In der ersten Jahreshälfte wird der Gemeindebezirk visitiert. Die Landeskirche hebt vor allem die ungewöhnlich entwickelten Dienste für die Kinder und den auffällig hohen Anteil ehrenamtlichen Engagements lobend hervor.

Sept. 2008: Nach langen Diskussionen gibt es nun zwei Gottesdienste am Vormittag, weil der Kirchsaal in der vergangengen Zeit zum zweiten Mal zu voll geworden ist.

Frühjahr 2009: Die Gemeindeleitung erweitert sich um weitere vier Mitglieder, um die verschiedenen Gemeindebereiche besser begleiten zu können. Zum ersten Mal übernimmt mit Klaus Michel ein ehrenamtliches Gemeindeglied den Vorsitz der Gemeindeleitung.

2009: Das Lutherhaus steht seit Jahren wegen des hohen Energieverbrauches in der Kritik der Gesamtkirchengemeinde. Das seit 2007 bestehende Bauteam schafft – unterstützt durch viele Spender – bis Herbst 2009 die Dämmung und Verschönerung der Fassade.

2012: Andreas Möller gerät erneut in gesundheitliche Schwierigkeiten und zieht sich für 9 Monate aus der Gemeindearbeit zurück.

2013: Gerhard Jahreis übernimmt den Vorsitz der Gemeindeleitung.

2016: Andreas Möller verkündet seinen Rückzug aus der Gemeindearbeit. Suche nach einem Nachfolger. Die Kirchenleitung schlägt im August Pfr. Christoph Rymatzki als Nachfolger vor.